農業(yè)部環(huán)境保護科研監(jiān)測所于1979年經國務院和農業(yè)部批準正式建立，直屬農業(yè)部領導。1997年劃歸中國農業(yè)科學院，2002被科技部、財政部、中編辦批準為非營利性科研機構。

農業(yè)部環(huán)境監(jiān)測總站設在該所，是全國農業(yè)環(huán)境監(jiān)測網絡牽頭單位和業(yè)務指導單位。

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